Początkowo scenarzystą był Charlie Kaufman, jednakże jego adaptacja powieści została odrzucona.
Z początku to Terry Gilliam miał realizować film "Przez ciemne zwierciadło" na podstawie opowiadania Dicka w latach 90-tych. Do produkcji jednak nie doszło.
Keanu Reeves i Winona Ryder spotkali się pierwszy raz razem na planie filmu "Dracula" z 1992 roku.
Reżyser David Cronenberg zagrał małą rolę lekarza w New Path.
Alex Jones, popularna osobowość radiowa, zagrał w filmie małą rolę ulicznego proroka, aresztowanego przez policję.
Robert Downey Jr. zainteresował się projektem, gdy dowiedział się, że Linklater będzie reżyserem, a Keanu ReevesKeanu Reeves zagra główną rolę. Przeczytał scenariusz i uznał go za najdziwniejszy, z jakim miał do czynienia.
Linklater napisał rolę Frecka, zaawansowanego ćpuna, specjalnie dla Rory'ego Cochrane'a. Aktor przyjął propozycję, jednak nie chciał odtwarzać roli z filmu "Uczniowska balanga", wcześniejszego filmu Richarda Linklatera. Cochrane grał tam Slatera, jego bohater cały czas był pod wpływem marihuany.
Podczas gdy Donna pije kawę w restauracji jej kolczyki znikają i pojawiają się.
Bob/Fred przemawiając w budynku Nowej Drogi zabiera swoje ręce z podium i odwraca się do tłumu. W następnym ujęciu patrzy się wstecz, a jego ręce powtórnie znajdują się na mównicy.
Ernie podnosi swój rower, trzymając go za koło. W następnym ujęciu niesie go przytrzymując za ramę.
Podczas pierwszego testu psychologicznego karta z psem i piramidą znikają ze stołu zaraz po tym, jak Bob je odkłada.
W klinice Nowa Droga kałuża wymiocin Boba pojawia się i znika pomiędzy ujęciami.
Kiedy Bob budzi się u boku Connie ma na sobie niebieskie bokserki. Jednak kiedy ogląda te sceny na nagraniu, jest nagi.
Samochód Donny posiada szyberdach. Jednak podczas ujęć, kiedy jedzie zdecydowanie za szybko, jej włosy ledwo się poruszają.
Gdy Fred wchodzi do biura Hanka ma na sobie swój strój maskujący, niemniej jednak Hank od razu go poznaje i wita się z nim zwracając się do niego po imieniu.
Donna wybiega za Bobem boso, jednak w następnym ujęciu ma na stopach sandały.
Zdjęcia do filmu kręcono w Austin i Elgin (Teksas, USA) oraz w Buena Park, Santa Ana, Tustin i Irvine (Kalifornia, USA).
Film i książka są na podstawie osobistych doświadczeń Philipa K. Dicka z narkotykami.
W sklepie, do którego Freck idzie kupić wino, stoi na półce marka wina o nazwie "St. Ubik". Jest to odniesienie do jednej z nowel Dicka pt. "Ubik".
Kiedy Fred/Bob ogląda w pracy nagrania przyjmuje pigułkę z Substancją D. W jaki sposób mógł to zrobić, skoro jego kombinezon pracowniczy nie posiadał otworu na usta?
Amerykańscy krytycy internetowi uznali film "Przez ciemne zwierciadło" najlepszą animacją 2006 roku.
W scenie, gdy Arctor przechodzi kolejny etap testów, maszyna kształtem przypominająca laptopa ma na sobie nazwę marki, która brzmi V K mk1. Litery V K to nawiązanie do testu Voighta Kampffa, z innej powieści Dicka ? ?Czy androidy marzą o elektrycznych owcach?.
Gdy Arctor siedzi na krześle na scenie, czekając aż będzie mógł przemawiać, jedna z postaci, którą pokazuje jego strój maskujący, to Philip K. Dick.
W kuchni w mieszkaniu Arctora można dostrzec narysowany obrazek głowy zamkniętej w pudełku podpisany ?Time to Thaw Walt?. To nawiązanie do krążących plotek jakoby Walt Disney poddał się hibernacji.
Ernie (Woody Harrelson), mówiąc o filmie, w którym Leonardo DiCaprio kradnie ludziom tożsamości, ma na myśli "Złap mnie, jeśli potrafisz".
Robert Downey Jr. zapisał większość swoich kwestii na notatkach i rozrzucił je po planie, aby móc z nich czytać podczas kręcenia scen. Animatorzy zajęli się "usunięciem" notatek.
Tytuł filmu zapożyczony jest z 1. Listu do Koryntian (rodział 13, wers 12):
"Teraz widzimy jakby w zwierciadle, niejasno;
wtedy zaś twarzą w twarz:
Teraz poznaję po części,
wtedy zaś poznam tak, jak i zostałem poznany."
Słuchawki na uszach kobiety w pokoju inwigilacji są wyprodukowane przez firmę "Phil D.", jest to nawiązanie do Philipa K. Dicka, autora powieści "Przez ciemne zwierciadło".
Córki Philip K. Dicka podarowały Richardowi Linklaterowi osobistą kopię powieści (którą Dick niegdyś posiadał) "Przez ciemne zwierciadło", kiedy Linklater ukończył film.
Lista ludzi, którzy umarli, bądź doznali poważnego uszczerbku na zdrowiu z powodu nadużywania narkotyków (wyświetlona pod koniec filmu) pochodzi z powieści Philipa K. Dicka. Sam pisarz zamieścił tam samego siebie, pod imieniem "Phil", jako ofiarę chronicznego zapalenia trzustki. Linklater do listy dorzucił też Louisa Mackeya (zmarł w 2004 r., był wpływowym profesorem filozofii, wykładającym na uniwersytecie w Austin, pojawił się w dwóch wcześniejszych filmach Linklatera), dedykując mu film.
Richard Linklater z początku chciał zekranizować nie "Przez ciemne zwierciadło", lecz inną powieść Dicka, pt. "Ubik". Reżyser nie zdołał jednak uzyskać praw autorskich.
Linklater nie chciał zrobić z powieści Dicka kolejnego filmu akcji, takiego, jak np. "Raport mniejszości". Zdecydował się na budżet poniżej 10 mln $, aby móc mieć większość kontrolę nad produkcją filmu, wiernie odwzorować powieść oraz przyjąć formę filmu animowanego.
Córki Philipa K., Dicka (Laura Leslie i Isa Hackett) nie były zbyt zadowolone, gdy dowiedziały się, że Linklater chce nakręcić film w formie "kreskówki".
Próby do filmu miały miejsce w Austin w Teksasie i trwały 2 tygodnie.
Okres zdjęciowy rozpoczął się 17 maja 2004 r. i trwał 6 tygodni.
Przy poszukiwaniu odpowiedniego domu dla Boba Arctora, twórcy filmu zwiedzili aż 60 domów. W końcu wybrali jeden z nich, ostatni lokatorzy wyprowadzili się z niego miesiąc wcześniej. Dekoratorzy musieli popracować nad nim tak, aby wyglądał na zrujnowany.
Przy kręceniu zdjęć nie zwracano szczególnej uwagi na widoczne elementy sprzętu filmowego, jak np. mikrofony. Nie dbano także o makijaż i oświetlenie, bo tym wszystkim i tak później zajęli się animatorzy.
Operator Shane Kelly ostrożnie dobierał paletę kolorów przy kręceniu zdjęć, aby nie dodawać pracy animatorom. Czasem pojawiali się na planie i mówili Kelly'emu, jakich zdjęć potrzebują.
Córki Philipa K. Dicka odwiedziły plan filmowy, aby zobaczyć, jak przebiega produkcja i spotkać się z główną obsadą.
Cały film nakręcono kamerą cyfrową Panasonic AG-DVX100.
Animacja filmu w programie Rotoshop zajęła animatorom aż 15 miesięcy.
Linklater przyznał się, że co prawda wie, jak zrobić film, ale nie ma pojęcia, jak poradzić sobie z animacją. Reżyser zdecydował się na film animowany ponieważ uznał, że mało jest tego typu obrazów dla dorosłych.
Każda minuta animacji wymagała 500 godzin pracy 30 animatorów, dzień po dniu, w pełnym wymiarze godzin.
Z początku film miał mieć swoją premierę we wrześniu 2005 r.
Większość animatorów nie miała wcześniej nic wspólnego z tworzeniem filmów. Po sześciu tygodniach ich pracy, tylko kilka scen było bliskich ukończenia. Linklater zajęty był wtedy pracami nad filmem "Drużyna specjalnej troski". Bob Sabiston, twórca programu "Rotoshop", którego używano przy animacji filmu, podzielił animatorów na 5 grup, przydzielając każdej z grup część pracy. Komunikacja między grupami byłą kiepska, animacja, jakiej dokładnie chciał Linklater, nie została dokładnie wprowadzona. Po dwóch miesiącach prac, część animatorów wciąż zaznajamiała się z oprogramowaniem. Reżyser był sfrustrowany z powodu braku postępu.
Część animatorów pracowała pod presją nawet po 18 godzin dziennie przez 2 tygodnie, aby stworzyć trailer, który zadowoli Linklatera i Marka Gilla, szefa studia Warner Independent Pictures.
Animatorom nie wystarczył wyznaczony 6-miesięczny termin na wykonanie prac, poprosili więc o przedłużenie go do 12 miesięcy, a także o zwiększenie budżetu przeznaczonego na animację, który wynosił 2 mln $. Studio zgodziło się na zwiększenie budżetu z 6,7 mln $ do 8,7 mln $ i odroczyło termin o 6 miesięcy.
Po zakończeniu prac nad filmem, zdecydowano, że premiera filmu odbędzie się 31 marca 2006 r., jednak i ta data nie była do osiągnięcia, ponieważ twórcy nie zdążyli z uruchomieniem odpowiedniej kampanii reklamowej. Ograniczona premiera filmu w USA miała miejsce 7 lipca 2006 r., film musiał rywalizować z takimi produkcjami, jak "Piraci z Karaibów: Skrzynia umarlaka" i "Auta" wytwórni Pixar. Premiera filmu na szeroką skalę odbyła się dopiero 28 lipca 2006 r.
Graham Reynolds skomponował i nagrał muzykę do filmu w sypialni swojego domu w Austin w Teksasie. Poza gitarą elektryczną i gitarą basową, muzyk użył samych akustycznych instrumentów. Cały proces trwał ponad 1,5 roku, powodem tego był oczywiście czasochłonny proces animacji.
Film zajął 1 miejsce w rankingu na najlepszy film fantastyczny magazynu Newsweek (2009).